Depuis 2014, la Région est devenue autorité de gestion des fonds structurels européens. Les fonds européens sont les outils financiers mis en place par l’Union européenne, au service de sa politique de cohésion économique, sociale et territoriale. L’intervention des fonds sur le territoire régional se fait selon des programmes, documents contractuels élaborés par l’Union européenne, l’Etat et la Région.

Le Parc national de forêt bénéficie de ces fonds européens de développement régional (FEDER) pour mener des actions en cohérence avec sa charte sur différents sujets :

• Programme de conservation d'espèces de milieux aquatiques sur le versant haut-marnais du Parc national de forêts (FEDER Grand Est)
• Programme de conservation des espèces à enjeu sur le versant Côte-d'Orien du Parc national de forêts (FEDER Bourgogne-Franche-Comté)
• Mieux connaître, gérer et préserver la diversité des prairies permanentes du Parc national de forêts (FEDER Bourgogne-Franche-Comté)
• Programme d'adaptation au changement climatique des forêts du Parc national de forêts (FEDER Bourgogne-Franche-Comté)