Les forêts du Parc national abritent une flore de sous-bois typique des sols calcaires.
À l'ombre d'une importante diversité d'arbres, le territoire compte des arbustes (noisetiers, cornouillers...) et des plantes de sous-bois (anémones sylvie, scille à deux feuilles...) typiques des sols calcaires. Les traditionnels muguets et ails des ours cohabitent à leurs côtés, ainsi que les jonquilles et perces-neiges qui tapissent les sols forestiers dès la fin de l'hiver.
Parmi les plus de 1700 espèces de plantes inventoriées, certaines sont exceptionnelles comme le Sabot de Vénus (la plus grande orchidée d'Europe), le Lys martagon, (espèces montagnarde) ou la Ligulaire de Sibérie (espèce relique de l'époque glaciaire).
La forte présences de champs et de prairies sur le territoire favorisent la flore messicole. C'est ainsi que l'on retrouve en abondance des coquelicots ou des bleuets dès la belle saison.
La variété des paysages du Parc national et leur préservation confère une très grande variété d'espèces floristiques sur le territoire, dont certaines sont si remarquables qu'elles bénéficient de programmes de suivi et de conservation (voir la page sur le Sabot de Vénus ci-dessous). La flore "ordinaire" côtoient des espèces plus exceptionnelles, chères aux patrimoines naturels du Parc national de forêts !
