Le parc national compte une centaine de marais tufeux qui se caractérisent par la présence de sources pétrifiantes engendrant des concrétions calcaires. Ce sont des milieux très fragiles et près d’une cinquantaine d’entre eux sont  inventoriés au sein du réseau Natura 2000.

Le damier du frêne est considéré comme en danger. Il figure dans la liste rouge des papillons de jour de france métropolitaine. Sa présence a pu être observée dans le Parc national de forêts.

Emblème du Parc national de forêts, la cigogne noire se nourrit principalement de poissons comme le chabo et d'amphibiens. Elle fréquente les forêts profondes, niche dans les grands arbres proches de zones humides.

20% des cigognes noires françaises ont élu domicile dans ces forêts.